21 de dezembro de 1835
O HMS Beagle chegou à Nova Zelândia na manhã e foi ancorado em um lugar chamado Baía das ilhas, fortes ventos impediram de chegar à baía mais cedo. Darwin não estava muito impressionado com os nativos, que ele viu com desconfiança, e talvez preocupação, uma vez que eles praticavam o canibalismo, antes que os missionários tivessem chegado. Darwin foi com o capitão FitzRoy, e o Sr. Baker (um missionário) para Kororadika, a maior aldeia da região. Darwin descreveu os indígenas como um povo envolvido com muita embriaguez e atos rudes. Eles também nunca haviam tomado banho e viviam em casas sujas. FitzRoy visitou a Paihia Island, e ficou desapontado com os nativos. Os missionários os consideraram difíceis de converter.

23 de dezembro de 1835
Darwin foi a uma aldeia chamada Waimate, cerca de 15 milhas da Baía das Ilhas, para visitar os missionários. Ele viajou a montante em um pequeno barco, passando por uma cachoeira ao longo do caminho. O país estava quase totalmente coberto de samambaias. Havia algumas árvores ao redor, mas Darwin não estava muito impressionado com a paisagem. Um chefe que o acompanhou não parou de conversar com Darwin, que não entendia uma palavra que ele dizia. As únicas palavras nativas que Darwin sabia eram: "bom, mau e sim". Darwin chegou finalmente a Waimate, uma aldeia rural de estilo Inglês muito agradável. O canibalismo foi observado, mas os nativos foram rapidamente sendo cristianizados. No dia seguinte, Darwin retornou para a costa.

26 de dezembro de 1835
Darwin e Sr. Sulivan foram levados para Cawa cawa em um barco pelo Sr. Bushby, um residente britânico. Após isso, eles andaram a partir da aldeia de Waiomio. Pouco tempo depois eles foram forçados a caminhar pela praia e depois de quatro milhas chegaram na vila Waiomio. Darwin analisou algumas formações calcárias curiosas na área, reuniu-se com os nativos, então teve uma agradável viagem de volta para a baía, passando pela vila de Keri-keri.
28 de dezembro de 1835
FitzRoy foi com Mr. Baker, um missionário local, à aldeia Waimate. A Sociedade Missionária da Igreja correu a aldeia que era composta por cerca de 20 hectares de terra. O lugar tinha uma aparência bem britânica, embora só tivesse três casas. Richard Matthews, um tripulante a bordo do Beagle, ficou para trás como um missionário.
30 de dezembro de 1835
O Beagle começou o caminho para a Austrália. Darwin estava muito satisfeito de deixar a Nova Zelândia!
12 de janeiro de 1836
O HMS Beagle ancorou em Sydney, no Porto Jackson. Darwin teve uma ótima impressão do lugar, uma cidade impressionante. Ele deu uma volta na cidade à noite e estava muito satisfeito com tudo o que viu, as muitas casas grandes, ruas limpas e a atmosfera britânica. A população de Sydney era, neste momento, composta por apenas 23 mil pessoas. FitzRoy percebeu que faltava nas pessoas daquela cidade hábitos literários, uma vez que haviam poucas livrarias na cidade. Ele parecia estar correto, pois a cidade estava cheia de marginalismo em sua estrutura social.

Descoberta de Darwin:
Em 16 de janeiro, Darwin foi com um guia e dois cavalos em uma viagem para Bathurst, New South Wales. Ao longo do caminho Darwin fez observações sobre a fauna local e ficou muito admirado pelas criaturas que ele viu (especialmente o ornitorrinco). Ele supôs que deve ter havido um ato distinto de criação, apenas para essas criaturas estranhas. Em seu retorno Darwin visitou Phillip Parker King, o comandante da primeira viagem do Beagle para fins de levantamento, que agora estava vivendo em sua fazenda nos arredores de Sydney.

19 de janeiro de 1836
Darwin foi com o Sr. Archer, o superintendente da fazenda, em uma viagem para caçar Cangurus, mas não tiveram muita sorte. À noite, Darwin tomou um passeio ao longo de um pequeno riacho e viu alguns ornitorrincos. Darwin os descreveu como animais extraordinários. Em seu diário, ele comentou também sobre as diferenças sociais do povo. Pessoas comuns, presos e funcionários, todos focados em apenas uma coisa, a acumulação de riqueza.
Embora Darwin nunca tenha visto um canguru na Austrália, ele viu muitas outras espécies. Darwin fez algumas observações interessantes sobre animais australianos, especialmente o ornitorrinco. Na época, o ornitorrinco foi considerado como uma criatura curiosa, e o mundo científico ficou perplexo. Darwin foi o primeiro cientista britânico de ver um ornitorrinco em seu ambiente natural, em um riacho perto de Bathurst, em 1836.
Observando algumas convergências em aspectos como a aparência e os comportamentos entre as espécies da Austrália e em outros países, Darwin foi movido a comentar:
"dois criadores diferentes estiveram em ação, seu objeto, no entanto, tem sido o mesmo, e certamente o fim, em cada caso está completo."
Darwin continuou a obter informações sobre a Austrália através de correspondência e continuou a adquirir peças de naturalistas locais. O isolamento geográfico da fauna e da flora australiana deu a Darwin alguns indícios muito valiosos sobre a evolução, bem como provas de que o isolamento geográfico e a extinção não eram absolutamente essenciais para a especiação ocorrer.
A flora da Austrália, bem como a fauna, foi importante para Darwin no desenvolvimento de sua teoria da evolução pela seleção natural. A adaptação e a distribuição da flora nativa da Austrália foram de grande interesse para Darwin.
John Gould (1804-1881) foi convidado para classificar os espécimes de aves, das quais cerca de 200 eram australianas. A identificação de Gould destas espécies de aves foi significativa para Darwin, quando ele estava formulando sua teoria da evolução. Darwin percebeu que as espécies separadas em diferentes ilhas dos Galápagos estão estreitamente relacionadas às espécies do continente sul-americano, combinado com a evidência fóssil, levou-o a reconhecer que as populações de espécies semelhantes que são isoladas umas das outras podem continuar a evoluir separadamente.
As observações de John Gould apoiavam a crença de Darwin que as espécies que se separaram de um tronco comum podem existir ao mesmo tempo, mesmo na mesma área geográfica.

























